面对反对派的攻击，改革派被迫做出辩解。“世凯连上三疏促之，太后召见切责，世凯恐，遂以阅南北新军会操为词，即日出京。”[62]载泽也上折辩明设立内阁总理大臣之意，认为：“内阁之设，实各部尚书会合而成，人数且视今日军机大臣而加倍，不过设总理大臣与左右副大臣为之表率，以当承宣诏旨之责。若夫天下大政出自亲裁，彼固不得而专之也；部院大臣皆由特简，彼固不得而私之也。而又有重臣顾问于上，以备要政之谘询；言路纠弹于下，而为公共之监视。法制之密，实过于前。何嫌何疑故作影响之词以为淆惑之地乎？”[63]载泽还恳请召见，面奏一切，但“折上留中，亦无召见消息，惟由内监传旨谓‘圣躬不甚快愉’而已”[64]。显然，反对派的言论已经打动慈禧太后，这对改革派是极为不利的。
尽管如此，以奕劻为首的总司核定官制大臣在审核袁世凯等人草拟的官制草案时，只是做了一些无关紧要的改动，如改财政部为度支部，改交通部为邮传部，去掉典礼院之名而恢复礼部，删除行政裁判院和集贤院[65]，而仍然保存责任内阁制。