七月，万历皇帝以师久无功，损耗兵饷为由，下令“逮学曾至京”。魏学曾就这样被罢官，押回京城。
魏学曾被逮后，叶梦熊升侍郎，代为总督讨贼。宁夏战役后期主要是由叶梦熊和梅国桢领导的。他们采用了魏学曾的计策，以水灌城。
就在魏学曾被逮不久，明军便决开大坝放水，大水将宁夏城包围，并溢入城中。这时宁夏城内已一片狼藉，城中严重缺粮，叛军人心惶惶，百姓更是苦不堪言。
《两朝平攘录》中记载：“城中乏谷，士尽食马，马余五百匹，民食树皮，死亡相属。”
哱拜等人商议，城外积水日渐增加，死守迟早被破城，只有再次向蒙古求援才有一线生机。
而此时，明军也早已加强对各个边防要冲的守备，防止蒙古军队的救援。随后著力兔果然率军前来，却被早有防备的李如松、麻贵等人大败。是役，“虏大败，腾山逃去，自此解体，不敢复入矣”。
失去了蒙古部落的援助，哱拜等人只有坐以待毙，宁夏城破只是时间问题。
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九月初，梅国桢和叶梦熊相继率军进入宁夏城南关，他们“犒赏兵众，抚安关民，不杀一人。大城居民闻之，人人思献城矣”。
