对决现在进入决定性阶段。伊丽莎白奉行的政策后来成为一种学说：通过纵横捭阖和必要时的战争让欧洲大陆处于分裂状态，以此赢得海洋。她向尼德兰派出军队，也派向法国，但这些军队在各处都没有大动作。损失最惨重的军事行动发生在顽固反叛的爱尔兰，它们本是一个家族的不同支系，现在互相撕咬。如果这个绿色岛屿能够成为天主教入侵的基地，那么战争在那里就不可避免。西班牙和教皇的雇佣军与叛乱分子合作，想在这里建立天主教进攻的桥头堡，这些企图必须被扼杀。
出于对国内“第五纵队”[44]的恐惧，伊丽莎白对偷偷混进来的天主教传教士采取强硬手段，为他们提供庇护的人也不能幸免。数百人为了信仰不得不流亡，或身陷囹圄或身首异处。玛丽·斯图亚特的命运也最终降临。谋反者想刺杀伊丽莎白，玛丽也涉案，沃尔辛厄姆的间谍及时揭露了这一阴谋；1587年，玛丽被斩首。当西班牙大战爆发时，苏格兰阵线至少保持平静，因为对玛丽的儿子詹姆斯而言，英格兰王冠已经遥遥在望，伊丽莎白没有子嗣，她死后将由詹姆斯继位。与此同时，腓力将全部精力都集中在入侵计划上。如果成功，就意味着恢复英格兰的天主教传统，还能确保大西洋航线，并可能在尼德兰赢得最终胜利。