次日，三方共同推出了特别委员14人，即汪精卫、胡汉民、张继、吴稚晖、戴季陶、张静江、蒋介石、唐生智、冯玉祥、阎锡山、杨树庄、李济深、何应钦、白崇禧。加上三方各自推出的6人，合计特别委员有32人。由于特别委员会的成立否定了武汉的正统地位，汪派骨干陈公博、顾孟余、徐谦等又被排斥在外，因此引起了武汉方面部分人的强烈反弹。13日，汪精卫在宋子文寓所召集武汉方面的谭延闿、孙科、朱培德、顾孟余、陈公博等秘密商议对特别委员会的态度问题。谭延闿、孙科等力陈舍此别无他法可循；陈公博、顾孟余则坚决反对，主张不应参加。双方激烈争执，无结果而散。汪精卫知道无法挽救，决定消极抵制，当晚通电引退，偕顾孟余秘密离沪赴九江，陈公博、徐谦也相继宣布引退并离沪。
9月14日，三方代表乘专车赴宁。15日，宁汉双方委员在南京成贤街中央党部召开中央执监委员临时会议，沪方中央执行委员则在南京紫金山中山陵墓开会，分别通过了组织特别委员会的决议和人选名单。16日，国民党中央特别委员会在南京正式开会，宣告宁、汉、沪三个国民党中央合流。但汪精卫、蒋介石、胡汉民等均未到会，到会的多是桂系和西山会议派的人物。在此后的会议上，推举汪精卫、蔡元培、谢持为常务委员，叶楚伧为秘书长；推举丁惟汾、于右任、孔庚、王法勤、王伯群、王宠惠等47人为国民政府委员，汪精卫、胡汉民、李烈钧、蔡元培、谭延闿5人为国民政府常务委员；推举于右任、方振武、方声涛等67人为军事委员会委员，白崇禧、何应钦、朱培德、李宗仁、李济深、汪精卫、胡汉民、唐生智、程潜、冯玉祥、蒋介石、杨树庄、谭延闿为军事委员会主席团成员。